Valdybos atskirais nutarimais sudaromos darbo grupės nagrinėja konkrečius sudėtingus klausimus ir pateikia valdybai išvadas, remiantis atliktais tyrimais. Visos sudaromos darbo grupės yra laikinojo pobūdžio. Taip pat darbo grupėse gali būti ne tik Klaipėdos miestiečių draugijos nariai, bet ir su konkrečiais klausimais ir jų nagrinėjimo eiga susiję asmenys.
Šv. Jono bažnyčios atkūrimo stebėjimo ir analizės darbo grupė teikia valdybai visas žinias ir išvadas, susijusias su atkūrimu.
Miesto paveldo objektų stebėsenos darbo grupė teikia atitinkamas išvadas dėl jų būklės ir kreipiasi į atsakingas susijusias institucijas.
